直通快速は、2008年3月15日のおおさか東線部分開業により設定された列車で、おおさか東線・片町線（学研都市線）・JR東西線経由で奈良 - 尼崎間で運転されている。運転本数は1日上下8本で、朝に奈良発4本、夕方に尼崎発4本が運転される。車両は剛体架線であるJR東西線を経由するため、パンタグラフを2個搭載する223系6000番台の宮原総合運転所所属車が限定使用されている。
平日ダイヤにおいて、奈良発尼崎行は、4本中3本が久宝寺で快速JR難波行（後述の柏原始発列車）と同一ホームで互いに乗り換えができるようにダイヤが組まれている。
なお、JR東西線の各駅と奈良の間には、直通快速以外にも木津経由の快速奈良行が2本、奈良発の快速と区間快速が各1本運転されている。
快速は、大和路快速に並ぶ代表的な列車種別で、ほぼ終日運転されている。朝夕はJR難波駅 - 奈良駅・加茂駅間の運転が基本であるが、日中を中心に和歌山線へ直通運転する列車も設定されている。そのうちの一部の列車は、奈良行または加茂行と併結（多層建て列車）し、王寺駅で切り離しを行っている。この場合に限り221系が限定運用される。しかし、逆の運用は、王寺駅に誘導信号機がないため存在しない。なお、朝ラッシュ時には桜井線から直通列車が運転されており、過去には夕方の桜井線直通列車や列車番号を変えて和歌山線五条駅以遠にも直通する列車も存在していた。天理教の例会があるときは桜井線の天理駅まで臨時運転される列車がある。
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1997年3月のダイヤ改正（後述）で一旦は区間快速に統合されていたが、今宮駅を通過するJR難波駅発着の区間快速との区別を図る目的で、2008年3月15日のダイヤ改正でJR難波発着の区間快速を再び快速とした。昼間時はJR難波駅 - 和歌山線高田駅間を20分間隔で221系の4両編成で運転している。